Para el desarrollo de la propuesta se viene ejecutando las siguientes metodologías:

Talleres en las diferentes provincias o distritos, en los que  se delinearon en  mapas, las áreas prioritarias de conservación elegidas por los participantes, en base a los mismos valores mencionados en el item c). Además se anoto la percepción de los participantes sobre el  grado de amenaza por carreteras, quemas, extracción y población humana de las zonas delineadas. Se realizaron talleres en Chachapoyas y Leymebamba (provincia de Chachapoyas), Bagua Grande (provincia de Utcubamba), Bagua (provincia de Bagua), Rodríguez de Mendoza (provincia de Rodríguez de Mendoza), Lamud, Camporredondo y Ocallí (provincia de Luya), Pedro Ruiz (provincia de Jumbilla),

Visitas de campo para determinar el grado de conservación, sus potencialidades y grados amenazas de  áreas con potencial a  incluirse dentro de la propuesta áreas prioritarias. Se visitó los páramos de Leymebamba y Chuquibamba (provincia de Chachapoyas), los bosques secos del Marañón y Utcubamba (provincias de Chachapoyas, Bagua y Utcubamba), los bosques montanos de Yambrasbamba (provincia de Bongará), los bosques del Río Santiago (provincia de Condorcanqui), las jalcas de Levanto y Mayno (provincia de Chachapoyas), los bosques montanos de Huaylla Belen (provincia de Luya), los bosques montanos de Ocol (provincia de Chachapoyas y Rodríguez de Mendoza), los bosques montanos de Camporredondo y Ocallí (provincia de Luya)

Revisión de información bibliográfica de tipo biológico, geográfico, climático, ecológico y cultural para determinar las áreas con mayor valor como zonas generadoras de agua,  valor faunístico, valor florístico, valor arqueológico, de belleza escénica y valor por su  singularidad vegetal.  En base a estos valores se elaboraron mapas temáticos de cuya integración resultaron las zonas prioritarias para la conservación en una primera instancia.

Análisis de representatividad (presencia mínima) de las diferentes de zonas de vida del departamento, las que separadas o juntas puedan constituir áreas de conservación.  Se  modeló de tal forma que se priorizaran corredores de estas zonas prioritarias (y zonas de vida) ya que áreas conectadas son más apropiadas para la conservación.

Hasta el momento se han identificado 8 zonas prioritarias para la conservación.

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